Red Natura 2000 es una red ecológica europea que tiene por objetivo la protección de especies y hábitats amenazados a fin de garantizar la biodiversidad. La Junta de Castilla y León aprobó en 2015 el Decreto Red Natura 2000 para proteger diversos espacios y valores naturales, entre los cuales se encuentran los Montes Aquilianos catalogados como Zona de Especial Protección de Aves (ZEPA).
En las zonas más rocosas de estas montañas destaca la presencia de grandes aves rapaces como el águila real, el halcón peregrino, el cernícalo vulgar, el azor común y el búho real. Por su parte, la perdiz pardilla, el pechiazul y el aguilucho pálido gustan de zonas abiertas de matorral.
Merece mención la Reserva Ornitológica de Palacios de Compludo, donde una gran variedad de aves encuentran protección: águila real, águila calzada, azor, gavilán, perdiz roja y pardilla, codorniz…